MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 1

Total Repeats: 669

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008012	AAT	2	6	340	345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972344
2	NC_008012	ATTA	2	8	411	418	50 %	50 %	0 %	0 %	94972344
3	NC_008012	T	6	6	445	450	0 %	100 %	0 %	0 %	94972344
4	NC_008012	TAC	2	6	465	470	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972344
5	NC_008012	ATG	2	6	491	496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972344
6	NC_008012	TGTTA	2	10	500	509	20 %	60 %	20 %	0 %	94972344
7	NC_008012	A	6	6	520	525	100 %	0 %	0 %	0 %	94972344
8	NC_008012	AAT	2	6	546	551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972344
9	NC_008012	T	7	7	618	624	0 %	100 %	0 %	0 %	94972344
10	NC_008012	AT	3	6	687	692	50 %	50 %	0 %	0 %	94972344
11	NC_008012	TTA	2	6	786	791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972344
12	NC_008012	CCT	2	6	805	810	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972344
13	NC_008012	TGA	2	6	816	821	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972344
14	NC_008012	CAC	2	6	845	850	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972344
15	NC_008012	TTAG	2	8	856	863	25 %	50 %	25 %	0 %	94972344
16	NC_008012	GTG	2	6	950	955	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972344
17	NC_008012	A	8	8	976	983	100 %	0 %	0 %	0 %	94972344
18	NC_008012	T	8	8	1032	1039	0 %	100 %	0 %	0 %	94972344
19	NC_008012	GAA	2	6	1051	1056	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972344
20	NC_008012	TTA	2	6	1082	1087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972344
21	NC_008012	A	6	6	1140	1145	100 %	0 %	0 %	0 %	94972344
22	NC_008012	TCG	2	6	1158	1163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972344
23	NC_008012	ATT	2	6	1242	1247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972344
24	NC_008012	TTC	2	6	1254	1259	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972344
25	NC_008012	AGA	2	6	1304	1309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972344
26	NC_008012	CTTC	2	8	1327	1334	0 %	50 %	0 %	50 %	94972344
27	NC_008012	AT	3	6	1611	1616	50 %	50 %	0 %	0 %	94972345
28	NC_008012	TAT	2	6	1650	1655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972345
29	NC_008012	TTATA	2	10	1767	1776	40 %	60 %	0 %	0 %	94972345
30	NC_008012	T	6	6	1809	1814	0 %	100 %	0 %	0 %	94972345
31	NC_008012	GTA	2	6	1923	1928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972346
32	NC_008012	AT	3	6	1982	1987	50 %	50 %	0 %	0 %	94972346
33	NC_008012	TAA	2	6	2040	2045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
34	NC_008012	ATA	2	6	2050	2055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
35	NC_008012	TGA	2	6	2059	2064	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972346
36	NC_008012	ATT	2	6	2080	2085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972346
37	NC_008012	TAA	2	6	2097	2102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
38	NC_008012	AT	3	6	2105	2110	50 %	50 %	0 %	0 %	94972346
39	NC_008012	AGA	2	6	2121	2126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972346
40	NC_008012	ATAA	2	8	2138	2145	75 %	25 %	0 %	0 %	94972346
41	NC_008012	TA	3	6	2169	2174	50 %	50 %	0 %	0 %	94972346
42	NC_008012	T	7	7	2205	2211	0 %	100 %	0 %	0 %	94972346
43	NC_008012	GAA	2	6	2234	2239	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972346
44	NC_008012	ATA	2	6	2248	2253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
45	NC_008012	ATCA	2	8	2256	2263	50 %	25 %	0 %	25 %	94972346
46	NC_008012	AGA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972347
47	NC_008012	TAT	2	6	2596	2601	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972347
48	NC_008012	TGT	2	6	2610	2615	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972347
49	NC_008012	GAA	2	6	2639	2644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972347
50	NC_008012	AGCA	2	8	2721	2728	50 %	0 %	25 %	25 %	94972347
51	NC_008012	T	6	6	2818	2823	0 %	100 %	0 %	0 %	94972347
52	NC_008012	A	6	6	2829	2834	100 %	0 %	0 %	0 %	94972347
53	NC_008012	TCT	2	6	2871	2876	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972347
54	NC_008012	AAAT	2	8	3350	3357	75 %	25 %	0 %	0 %	94972348
55	NC_008012	GTT	2	6	3404	3409	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
56	NC_008012	T	6	6	3426	3431	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
57	NC_008012	AGA	2	6	3475	3480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972348
58	NC_008012	TTC	2	6	3485	3490	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972348
59	NC_008012	AGC	2	6	3518	3523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972348
60	NC_008012	TC	3	6	3728	3733	0 %	50 %	0 %	50 %	94972348
61	NC_008012	A	7	7	3779	3785	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
62	NC_008012	AGAT	2	8	3829	3836	50 %	25 %	25 %	0 %	94972348
63	NC_008012	AT	3	6	3840	3845	50 %	50 %	0 %	0 %	94972348
64	NC_008012	TC	3	6	3915	3920	0 %	50 %	0 %	50 %	94972348
65	NC_008012	CAA	2	6	3921	3926	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972348
66	NC_008012	A	6	6	3984	3989	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
67	NC_008012	GTAA	2	8	3999	4006	50 %	25 %	25 %	0 %	94972348
68	NC_008012	ATA	2	6	4013	4018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
69	NC_008012	T	6	6	4019	4024	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
70	NC_008012	T	6	6	4032	4037	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
71	NC_008012	AT	3	6	4038	4043	50 %	50 %	0 %	0 %	94972348
72	NC_008012	TAAAA	2	10	4055	4064	80 %	20 %	0 %	0 %	94972348
73	NC_008012	AAT	2	6	4065	4070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
74	NC_008012	TAC	2	6	4121	4126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972348
75	NC_008012	ATAAC	2	10	4131	4140	60 %	20 %	0 %	20 %	94972348
76	NC_008012	T	6	6	4143	4148	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
77	NC_008012	ATA	2	6	4158	4163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
78	NC_008012	A	6	6	4169	4174	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
79	NC_008012	ATA	2	6	4193	4198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
80	NC_008012	AAT	2	6	4274	4279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
81	NC_008012	GAA	2	6	4302	4307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972348
82	NC_008012	GCA	2	6	4320	4325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972348
83	NC_008012	AGAA	2	8	4328	4335	75 %	0 %	25 %	0 %	94972348
84	NC_008012	TCTT	2	8	4353	4360	0 %	75 %	0 %	25 %	94972348
85	NC_008012	TAA	2	6	4372	4377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
86	NC_008012	TAA	2	6	4487	4492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
87	NC_008012	AGT	2	6	4500	4505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972348
88	NC_008012	A	6	6	4506	4511	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
89	NC_008012	GTG	2	6	4528	4533	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972348
90	NC_008012	GAAG	2	8	4546	4553	50 %	0 %	50 %	0 %	94972348
91	NC_008012	TTG	2	6	4591	4596	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
92	NC_008012	GA	3	6	4609	4614	50 %	0 %	50 %	0 %	94972348
93	NC_008012	CAG	2	6	4651	4656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972348
94	NC_008012	AAT	2	6	4713	4718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
95	NC_008012	TCTG	2	8	4722	4729	0 %	50 %	25 %	25 %	94972348
96	NC_008012	TTA	2	6	4753	4758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972348
97	NC_008012	CAA	2	6	4774	4779	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972348
98	NC_008012	CAT	2	6	4786	4791	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972348
99	NC_008012	TAA	2	6	4820	4825	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
100	NC_008012	A	6	6	4833	4838	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
101	NC_008012	TATTTT	2	12	4874	4885	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	94972348
102	NC_008012	T	7	7	4905	4911	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
103	NC_008012	TTG	2	6	4913	4918	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
104	NC_008012	T	6	6	4919	4924	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
105	NC_008012	A	7	7	4944	4950	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
106	NC_008012	ATA	2	6	4957	4962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
107	NC_008012	TA	3	6	4995	5000	50 %	50 %	0 %	0 %	94972348
108	NC_008012	ATA	2	6	5007	5012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
109	NC_008012	TATT	2	8	5040	5047	25 %	75 %	0 %	0 %	94972348
110	NC_008012	ATT	2	6	5063	5068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972348
111	NC_008012	AGT	2	6	5069	5074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972348
112	NC_008012	TGT	2	6	5082	5087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
113	NC_008012	ATT	2	6	5105	5110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972348
114	NC_008012	TAA	2	6	5118	5123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
115	NC_008012	AAAT	2	8	5127	5134	75 %	25 %	0 %	0 %	94972348
116	NC_008012	A	6	6	5143	5148	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
117	NC_008012	A	7	7	5202	5208	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
118	NC_008012	A	7	7	5225	5231	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
119	NC_008012	AGA	2	6	5236	5241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972348
120	NC_008012	ATG	2	6	5251	5256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972348
121	NC_008012	AAAGA	2	10	5271	5280	80 %	0 %	20 %	0 %	94972348
122	NC_008012	ATT	2	6	5835	5840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972349
123	NC_008012	TAA	2	6	5874	5879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972349
124	NC_008012	A	7	7	5883	5889	100 %	0 %	0 %	0 %	94972349
125	NC_008012	ATT	2	6	5934	5939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972349
126	NC_008012	A	6	6	5945	5950	100 %	0 %	0 %	0 %	94972349
127	NC_008012	A	6	6	5979	5984	100 %	0 %	0 %	0 %	94972349
128	NC_008012	T	6	6	6013	6018	0 %	100 %	0 %	0 %	94972349
129	NC_008012	AAAAG	2	10	6028	6037	80 %	0 %	20 %	0 %	94972349
130	NC_008012	AAAG	2	8	6049	6056	75 %	0 %	25 %	0 %	94972349
131	NC_008012	AAT	2	6	6083	6088	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972349
132	NC_008012	T	6	6	6100	6105	0 %	100 %	0 %	0 %	94972349
133	NC_008012	ATAA	2	8	6209	6216	75 %	25 %	0 %	0 %	94972349
134	NC_008012	T	6	6	6280	6285	0 %	100 %	0 %	0 %	94972349
135	NC_008012	AAT	2	6	6297	6302	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972349
136	NC_008012	TA	3	6	6308	6313	50 %	50 %	0 %	0 %	94972349
137	NC_008012	AAT	2	6	6356	6361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972349
138	NC_008012	CTT	2	6	6386	6391	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972349
139	NC_008012	AT	3	6	6412	6417	50 %	50 %	0 %	0 %	94972349
140	NC_008012	CTA	2	6	6882	6887	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972350
141	NC_008012	TAA	2	6	6894	6899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972350
142	NC_008012	T	8	8	6909	6916	0 %	100 %	0 %	0 %	94972350
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261	NC_008012	TGTA	2	8	11600	11607	25 %	50 %	25 %	0 %	94972355
262	NC_008012	TAA	2	6	11650	11655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972355
263	NC_008012	TCCCCC	2	12	11661	11672	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	94972355
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269	NC_008012	A	7	7	11785	11791	100 %	0 %	0 %	0 %	94972355
270	NC_008012	TCA	2	6	11793	11798	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972355
271	NC_008012	TAA	2	6	11800	11805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972355
272	NC_008012	T	8	8	11888	11895	0 %	100 %	0 %	0 %	94972355
273	NC_008012	CAT	2	6	11917	11922	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972355
274	NC_008012	A	6	6	11937	11942	100 %	0 %	0 %	0 %	94972355
275	NC_008012	TGA	2	6	11954	11959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972355
276	NC_008012	CTAT	2	8	11970	11977	25 %	50 %	0 %	25 %	94972355
277	NC_008012	AT	3	6	11976	11981	50 %	50 %	0 %	0 %	94972355
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